La FAE a été légalement créée par le Conseil des gouverneurs de la Banque africaine de développement, en 2004, en approuvant l'instrument de sa création. La FAE a été créée en tant qu'outil de financement essentiel pour soutenir la réalisation de la Vision africaine de l'eau.
La Banque africaine de développement (BAD) est l'administrateur du Fonds spécial de la Facilité africaine de l'eau. La Banque héberge la FAE au nom du Conseil des ministres africains de l'eau (AMCOW) et, en sa qualité d'administrateur et de propriétaire légal de la Facilité, détient en fiducie les fonds, les actifs et les recettes qui constituent les ressources du Fonds pour l'eau, et les gère et les utilise aux fins et conformément aux dispositions de l'instrument de création du Fonds pour l'eau.
La stratégie de la Banque africaine de développement pour 2024-2033 définit deux objectifs clés qui sont le soutien à la croissance inclusive et la transition vers une croissance verte pour les pays africains.