La FAE travaille en partenariat et en consultation avec un large éventail d'institutions multilatérales et bilatérales du secteur de l'eau et de domaines connexes afin de maximiser les résultats et l'impact. Certains de ces partenaires sont également ses donateurs. Les principaux partenaires de la FAE sont les suivants :
- La Fondation Bill et Melinda Gates
- Le Nouveau partenariat pour le développement de l'Afrique (NEPAD)
- Fonds de développement urbain et municipal (FDUM)
- Fonds africain pour le changement climatique
- Facilité de soutien à la transition de la BAD (TSF)
- Facilité africaine de soutien juridique (ALSF)
- Partenariat mondial pour la sécurité de l'eau et l'assainissement (GWSP)
- Mécanisme de préparation des projets d'infrastructure (IPPF)
- Le Partenariat mondial pour l'eau (GWP)
- Le Fonds pour l'assainissement et l'hygiène (SHF)
- La Commission sud-africaine des ressources en eau (WRC)
- Institut mondial pour la croissance verte
- L'Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE)
- Association africaine de l'eau et de l'assainissement (AfWASA)
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