À ce jour, les bailleurs de fonds de la FAE sont l'Algérie, l'Australie, l'Autriche, le Burkina Faso, le Canada, le Danemark, l'Espagne, la France, le Nigeria, la Norvège, le Royaume-Uni, le Sénégal, la Suède, la BAD, la Commission européenne, la Fondation Bill et Melinda Gates et le Fonds nordique de développement.
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