La FAE fournit des subventions et une assistance technique pour soutenir la préparation et la mise en œuvre de projets d'infrastructures d'eau et d'assainissement ainsi que de mesures de gestion de l'eau dans toute l'Afrique, contribuant ainsi à la réalisation de la Vision africaine de l'eau 2025 et des objectifs de développement durable liés à l'eau. L'objectif à long terme de la FAE est de contribuer à l'amélioration de la qualité de vie des communautés rurales et urbaines en Afrique. Les objectifs de la stratégie 2017-2025 de la FAE reposent sur quatre piliers stratégiques. Il s'agit de (1) soutenir la préparation de projets prêts à l'investissement pour l'approvisionnement en eau et l'assainissement en milieu rural et urbain, la gestion de l'eau agricole et le stockage de l'eau à des fins multiples ; (2) financer des investissements catalytiques avec des modèles d'affaires ou des technologies innovants ou alternatifs pilotés ou reproduits avec un financement provenant de sources publiques et commerciales ; (3) soutenir le financement des investissements pour les infrastructures d'eau prioritaires mobilisées par l'application de divers outils et événements de marketing, de promotion et de réseautage ; et (4) soutenir la gouvernance de l'eau, la gestion des connaissances, la capacité institutionnelle et les partenariats pour la sécurité de l'eau sur le continent africain.