La stratégie actuelle de la FAE couvre la période 2017-2025 et s'aligne sur les opérations de la nouvelle politique de l'eau du Groupe de la Banque (2021) et de la stratégie de l'eau de la BAD (2021), qui mettent davantage l'accent sur la sécurité de l'eau. L'objectif à long terme de la stratégie de la FAE révisée en 2021 est de contribuer à « l'amélioration de la qualité de vie des communautés urbaines et rurales en Afrique ». Cet objectif est atteint dans le cadre de quatre priorités stratégiques, à savoir : (i) la préparation des projets ; (ii) les investissements catalytiques ; (iii) la promotion des investissements ; et (iv) la gouvernance de l'eau. La stratégie met l'accent sur l'intégration de la résilience climatique au cœur des interventions de son programme, parmi d'autres questions transversales clés telles que le genre, l'environnement, la sécurité, la création d'emplois et les sauvegardes sociales.