Les candidats éligibles doivent d'abord soumettre une demande de financement écrite, accompagnée d'une note conceptuelle du projet et d'autres documents justificatifs. Ces documents sont examinés pour vérifier leur éligibilité et leur conformité avec les priorités stratégiques de la Facilité et seuls les projets susceptibles d'être inclus dans la réserve de projets de la FAE sont invités à soumettre une demande de subvention complète. La demande de subvention est ensuite évaluée conformément aux critères d'évaluation établis afin de permettre un classement des projets dans la réserve. Les projets les mieux classés sont ensuite pris en considération pour être inclus dans le programme de travail annuel de la FAE, approuvé par le Conseil de direction de la Facilité en vue d'un financement.